Los caballos nativos de Escocia desde hace siglos fueron criados para traslado de los caballeros a los campos de batalla. A principios del siglo XVIII, los descendientes de estos pequeños y robustos caballos de batalla se cruzaron con sementales importados de Flandes y dieron origen a un tipo de caballo más grande y pesado, apropiado para transportar carbón y otras mercancías, además de trabajo agrícola.
En el siglo XIX comenzó a adquirir la conformación que hoy conocemos, tomando el nombre de la región de cría (denominada hoy Lanarkshire). Los propietarios arrendaban a los sementales para dar cría con las yeguas locales y de esta manera fijaron la raza en la zona. Su carácter y temperamento le dio popularidad y poco a poco reemplazó al Shire como caballo de tiro preferido.
En 1877 se establece la Clydesdale Horse Society para fomentar la cría. Su temperamento y su disposición hacia el trabajo lo han convertido en el favorito en todos los lugares del mundo.
Antes de la Segunda Guerra mundial, se comenzaron a exportar para el tiro pesado y luego fueron reemplazados por máquinas. Se exportaron en gran número a Estados Unidos, Canadá, Australia, Nueva Zelanda y demás países del Commonwealth.