Esta raza se parece mucho a las razas Tokara y Miyako, ambas también japonesas y pertenecientes a las ocho razas nativas de Japón.
Durante muchos años este caballo resultó indispensable en granjas y campos para labores de transporte y labranza.
En 1939 se decidió mejorar unas cuantas razas con el fin de usarlos como caballoa militares, asin embargo, el Yonaguni se mantuvo pura de raza ya que por su propio aislamiento se pudo zafar.
Actualmente estos animales son bastante raros, ya que como todas las especies dedicadas tradicionalmente a labores de agricultura, los ejemplares del Yonaguni sufrieron un declive a raíz de la mecanización del siglo XX. Se estima en un número menor de 200 los ejemplares actualmente existentes.
Esta raza suele tener capas de color castaño y bayo así como un temperamento muy dócil y tranquilo.
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